YÖK başkanlığı için hükümet kanadından atanan ve görevde olan bazı YÖK üyelerinin de ismi geçiyor. En güçlü isim, Başbakanlık kontenjanından YÖK üyeliğine getirilen ve eski YÖK Başkanı İhsan Doğramacı gibi Kerküklü olan eski Gazi Üniversitesi Rektörü Enver Hasanoğlu. Uzun zamandır YÖK üyeliği yapan ilahiyatçı Halis Ayhan veya AK Parti'nin yeni Ceza Kanunu hazırlığında görev yapan Prof. Dr. İzzet Özgenç'in de bu göreve atanabileceği belirtiliyor. Cumhurbaşkanı Gül, ilk atamasını Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Rektörlüğü'ne yapmıştı. Gül, 2007 yılı içinde, Hacettepe ve Selçuk üniversitelerine, 2008'in Ağustos ayında ise 22 üniversiteye yeni rektör atayacak.
